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采收：巴戟天以种植5-6年后采挖为宜，采收时间以秋、冬季为好。起挖后用水洗净泥土。
加工：除去须根及芦头，晒干后切成10厘米长的段;或者将鲜巴戟天晒至6-7成干时，用木槌轻轻捶扁，晒干;也可先蒸，后晒至半干，再捶扁晒干。
炮制：巴戟天（肉） 取原药材，除去杂质，洗净，泡至三、四成透后，置适宜的蒸器内蒸透，趁热除去木心，切断，干燥。
盐巴戟天 取净巴戟天，用盐水拌匀，闷至盐水被吸尽，置适宜的蒸器内蒸透，趁热除去木心，切断，干燥。 （巴戟天每100kg，用食盐2kg）
制巴戟天 取甘草捣碎，煎汤，去渣，加入净巴戟天拌匀，置锅内，用文火煮透，取出，趁热除去木心，切段，干燥。（巴戟天每100kg，用甘草6kg）
储藏：巴戟天一般用麻袋包装，每件30公斤左右。贮存于通风干燥处，温度30℃以下，相对湿度70-75％。商品安全水分12-14％。
养护：本品易虫蛀，受潮生霉、泛油。吸潮品颜色加深，质体返软，断面溢出油样物，散发特殊气味，有的出现霉斑。为害的仓虫有药材甲、烟草甲、大理窃蠹、黑毛皮蠹、印度谷螟等，蛀蚀品的蛀洞较小，不易察见，但周围常见碎屑，其中可发现仓虫活动。
储藏期间，应保持环境清洁，定期使用溴氰菊脂药剂进行消毒。发现受潮及轻度霉变、虫蛀，及时晾晒，或翻垛通风;虫情严重时用磷化铝熏杀。有条件的地方，可进行密封抽氧充氮养护。
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